APT и dpkg показывают разные срезы: все установленные пакеты, пакеты, выбранные вручную, либо точный список для переноса.
1. Покажите все установленные пакеты
apt list --installed
dpkg-query -W -f='${binary:Package}\t${Version}\n'
2. Покажите пакеты, отмеченные вручную
apt-mark showmanual
3. Найдите конкретный пакет
dpkg-query -W 'nginx*'
apt-cache policy nginx
4. Сохраните воспроизводимый список
apt-mark showmanual > manual-packages.txt
Проверка результата
wc -l manual-packages.txt
head manual-packages.txt