Базовые операции безопаснее выполнять с --, кавычками и предварительной проверкой текущего каталога.

Важно: Перед rm проверьте pwd и точный путь. Не запускайте рекурсивное удаление с переменной, значение которой не проверено.

1. Ориентируйтесь в системе

pwd
ls -lah
find . -maxdepth 2 -type f -print

2. Создайте и скопируйте

mkdir -p project/{src,backup}
cp -a -- source/. project/backup/

3. Переместите без перезаписи

mv -n -- old.txt project/src/new.txt

4. Удаляйте точечно

rm -i -- project/src/new.txt
rmdir -- project/src

Официальная документация