Права Linux состоят из владельца, группы, mode-битов и при необходимости ACL. Для веб-сервера не используйте полный доступ всем пользователям.
Важно: Права зависят от модели запуска приложения. Запись веб-процессу выдавайте только в конкретные каталоги uploads/cache.
1. Посмотрите текущие права
namei -l /var/www/example/public/index.php
stat -c '%A %a %U:%G %n' /var/www/example/public
2. Назначьте владельца и группу
sudo chown -R deploy:www-data /var/www/example
3. Установите права каталогов и файлов
sudo find /var/www/example -type d -exec chmod 2750 {} +
sudo find /var/www/example -type f -exec chmod 0640 {} +
4. Добавьте точечный ACL
sudo apt install acl
sudo setfacl -m u:www-data:rx /var/www/example
getfacl /var/www/example