Для InnoDB повреждение лечат восстановлением из проверенной резервной копии; REPAIR TABLE предназначен главным образом для MyISAM. Сначала остановите запись и сделайте копию datadir/snapshot.

Важно: Перед любым repair сделайте побайтовую копию или snapshot. Не экспериментируйте на единственном экземпляре данных.

1. Определите движок и симптомы

SELECT TABLE_SCHEMA,TABLE_NAME,ENGINE FROM information_schema.TABLES WHERE TABLE_SCHEMA='appdb';
CHECK TABLE appdb.table_name;

2. Снимите логическую копию доступных данных

mysqldump --single-transaction --routines --events appdb > appdb.sql

3. Для MyISAM используйте штатную проверку

sudo mysqlcheck --check appdb
sudo mysqlcheck --repair appdb

4. Для InnoDB восстановите корректно

Используйте backup/PITR. Параметр innodb_force_recovery допустим только временно и на минимальном уровне, чтобы выгрузить читаемые данные; не выполняйте запись.

Официальная документация